Eesti riikliku iseseisvuse taastamisel ilmnes oluline vajak haridussüsteemis – meil ei olnud ühtegi õppeasutust, mis oleks koolitanud kõrgharidusega spetsialiste politseile ja teistele sisekaitseametkondadele. Samal ajal loodud Eesti kaitseväe põhimureks oli ohvitseride nappus.
Kahe kõrgkooli – üks sisekaitsele ja teine kaitseväele – üheaegne loomine käis noorele riigile üle jõu. Nii küpses otsus luua ühine kool nii politsei, tolli, kohtueelse uurimise asutuste, kinnipidamiskohtade, piirivalve ja päästeasutuste ametnike kui ka kaitseväelaste koolitamiseks. Maailmapraktikas oli selline erialade kooslus haruldane. Kooli idee eestvedajaks oli õigusteaduse professor Eduard Raska, kellest sai ka kooli esimene rektor.
15. aprillil 1992 asutas Eesti Vabariigi Valitsus Eesti Sisekaitse Akadeemia. Akadeemia sai enda käsutusse Nõukogude armee ehitusvägede kõrgema poliitilise sõjakooli territooriumi ja hooned Maarjamäel, kus kool asub siiani. Õppetöö algas 12. oktoobril ning politsei, uurimise, tolli, korrektsiooni, kaitseväe ja piirivalve erialale võeti vastu 185 kadetti;
1993. aastal nimetati akadeemia ümber Eesti Riigikaitse Akadeemiaks. 1998. aastal hakkas akadeemia kandma praegust nime Sisekaitseakadeemia. Samal aastal avati rahvastikukorralduse eriala ja loodi halduskolledž, kuhu paigutati ka tolli eriala.
1999. aastal otsustas Vabariigi Valitsus lõpetada akadeemias kaitseväe ohvitseride koolitamise, mis viidi üle uude kaitseväelisse kõrgkooli Tartus. Samal aastal avati rahvastikukorralduse eriala asemel halduskorralduse eriala, 2001. aastal kohtunikuabi ja 2002. aastal maksukorralduse eriala.
2004. aastal liitus akadeemia päästekolledžiga Väike-Maarja Päästekool ja politseikolledžiga Paikuse Politseikool. Aasta hiljem alustas akadeemias tegevust avaliku teenistuse arendus- ja koolituskeskus. 2005. aastal toodi akadeemiasse üle vanglaametniku kutseõppe õppekava Tallinna Pedagoogilisest Seminarist. 2006. aasta sügisest liitus akadeemia piirivalvekolledžiga Muraste Piirivalvekool ning lisaks sellele loodi akadeemia struktuuris uue üksusena teenistuskoerte koolituskeskus.
2010. aastast on akadeemias neli kolledžit: finants-, vanglateenistuse, pääste- ning politsei- ja piirivalvekolledž. Uute üksustena loodi magistriõpet pakkuv sisejulgeoleku instituut, Euroopa rändevõrgustiku Eesti kontaktpunkti baasilt SKA migratsiooniuuringute keskus ning innovaatiliste haridustehnoloogiate keskus. Viimane neist koondus 2016. aastal loodud arendusosakonna koosseisu ning migratsiooniuuringute keskuse tegevus viidi 2015. aastal üle Tallinna Ülikooli.
Samal aastal suleti ka avaliku teenistuse arendus- ja koolituskeskus ning avalike teenistujate koolitusfunktsiooni võttis enda kanda Rahandusministeerium. 2016. aastal liideti uuendatud struktuuri kohaselt üldainete keskuse alusel loodud õigus- ja sotsiaalteaduste keskus sisejulgeoleku instituudiga. Täiendusõpet hakkas koordineerima täiendusõppe keskus.